clamAVというのがあり、これでウイルスチェックを行う。
https://www.infocircus.jp/2019/10/05/centos-7-virusscan-clamav/

#インストール
amazon-linux-extras install -y epel
yum install -y clamav clamav-data clamav-devel clamav-filesystem clamav-update clamd

#AVの定義ファイルの更新
freshclam

#スキャンの実行。以下のように、ディレクトリとして / を指定する
clamscan --infected --recursive /

#すべてを実行すると時間がかかるし、パーミッションエラーも多発するので、フォルダを絞って実行するのもいいだろう。
clamscan --infected --recursive /home
または、--exclude-dir　で除外するフォルダを指定することも可能。

以下が結果の例
----------- SCAN SUMMARY -----------
Known viruses: 8945582
Engine version: 0.102.4
Scanned directories: 10939
Scanned files: 61495
Infected files: 0
Data scanned: 1446.60 MB
Data read: 2928.30 MB (ratio 0.49:1)
Time: 309.100 sec (5 m 9 s)

Infected files（感染したファイル）がゼロであることを確認しよう。
ファイルを削除することも大

また、cronによって定期的に実行することも選択肢。